「Organ Model」コントロールでは基本的な音質を調整できます。
「Maximum Wheels」スライダ：エミュレートするトーンホイールの数を設定します。値を低く設定すると、処理負荷を最小限に抑えることができます。ただし、倍音成分が減るため、実音に近付けたい場合は値を下げないでください。
「Tonal Balance」スライダ：低音のトーンホイールと高音のトーンホイールの出力信号の混合比を調整します。正の値にすればより軽く、明るい響きになります。トーンバランスとイコライザの設定をいろいろ変えて試してみてください。詳しくは、Vintage B3 の EQを参照してください。
「Lower」スライダ：上鍵盤と下鍵盤（およびペダル鍵盤）の相対的な音量を設定します。
「Pedals Volume」スライダ：上鍵盤（および下鍵盤）とペダル鍵盤の相対的な音量を設定します。
「Shape」スライダ：トーンホイールジェネレータの波形を変更します。Farfisa、Solina、Yamaha などのオルガンに似た音を得ることができます。ハモンドオルガンのトーンジェネレータが生成するのは（人工的に作り出したものではあるにしろ）純粋なサイン波ですが、ほかの一部のオルガンの波形には歪みが含まれています。「Shape」パラメータの対象は、生成されたサイン波にフィルタを適用した後の信号であることに注意してください。
スライダを右に動かすほど、音質が明るく騒々しい雰囲気になります。
左に動かすと、ぼんやりとした柔らかい音になります。
「Bass Filter」スライダ：上段／下段／ペダルを合わせた全体的な流れから見ると華やかすぎると感じられる、ペダルドローバーの高音部を抑制します。最大の位置に設定すると、バスレジスタの中でも、特に基音成分だけが聞こえるようになります。
「Ultrabass」スイッチ：上下の鍵盤の左側に 1 オクターブ分の低音域が追加されます。この機能、および上下の鍵盤を個別にトランスポーズする機能は、実機の B3 にはありません。複数のコントローラまたはマルチ・チャンネル・コントローラを使用するを参照してください。